Marathonisi to piękna bezludna wyspa, malowniczo położona w Zatoce Laganas na Morzu Jońskim, której jedynymi oficjalnymi mieszkańcami są żółwie Caretta – Caretta, które każdego lata przybywają tutaj i składają jaja, ale nie zawsze tak było…
Jest rok 1728, wyspa jest pod zaborem weneckim, a port na Zakynthos najbardziej ruchliwym portem na Morzu Jońskim. W tym czasie dobija do wyspy poszukiwany na wyspie przestępca, który zbiegł przed karą na Peloponez, a teraz wrócił żeby odwiedzić w tajemnicy swoich bliskich, miał powód – był ciężko chory. Zwrócił się o pomoc do znanego artysty, malarza Gerolymosa Plakotosa, który oprócz talentu, posiadał rozległą wiedzę medyczną. Nie trzeba było długo czekać a artysta – medyk i jego synowie również ciężko zaniemogli. Uderzono na alarm, bo wiadomo było, że na Peloponezie w tamtym czasie szalała epidemia dżumy, i przestępca najprawdopodobniej przywlókł zarazę ze sobą.
Chorzy zostali natychmiast przewiezieni do Lazaretu, gdzie Gerolymos wkrótce zmarł, jego pracownię i dom spalono, ale było już za późno, dżuma zdążyła się rozprzestrzenić poza okolice Zakynthos, objęła teren od Vanato, z jednej strony, do Argasi z drugiej. Największe żniwo zbierała w żydowskim getcie, gdzie od 1717 roku mieszkały wszystkie żydowskie rodziny. Konieczne było umieszczenie chorych w szpitalu, w miejscowości Agios Konstantynos – dzisiaj nazywaną Lazaret, między Argasi a Kipos. Miejsce to było w opłakanym stanie, z powodu chciwości i niegospodarności starego włoskiego zarządcy Antonio Caffari.
Oprócz tego zbliżało się lato i żniwa. Zakynthos to wioski pełne winnic, gajów oliwnych i sadów, ale nie były one w stanie wyżywić wszystkich mieszkańców, mogły zapewnić im tylko jedną trzecią pszenicy potrzebnej do przeżycia, resztę trzeba było sprowadzać z Peloponezu. Co najmniej tysiąc rodzin nie mogło sobie pozwolić na kupno niezbędnej ilości zboża, a ponad 2,5 tysiąca co roku płynęło na kontynent, na żniwa, gdzie opłacano ich pracę w naturze – zbożem. Wszyscy żniwiarze w drodze powrotnej musieli przejść obowiązkową 7-dniową kwarantannę – jeżeli akurat na Peloponezie pod panowaniem Turków, szalała zaraza, a zdarzało się to w tamtych czasach bardzo często.
Wkrótce zaczęło brakować w lazarecie miejsca i zarządca wyspy Francesco Correr postanowił przenieść chorych Żydów, na Marathonisi. Jeszcze przed wybuchem epidemii proponował przeniesienie lazaretu na wysepkę, bo były tam doskonałe warunki, świeże powietrze, duża przestrzeń i woda pitna. I tak zaczął się nowy etap w historii Marathonisi jako miejsca zarówno dla leczenia chorych jak i kwarantanny dla żniwiarzy. Nie wiadomo czy istniejący na wyspie klasztor NMP Marathonisiotissas funkcjonował w tamtym czasie i czyją własnością była wyspa.
Po zwalczeniu epidemii 1728 r. Żydzi opuścili Marathonisi i wrócili do getta a wyspa przez następne lata wykorzystywana była tylko jako miejsce sezonowej kwarantanny dla żniwiarzy, ale fatalne warunki sanitarne, a co za tym idzie złe warunki życia i częste czasami masowe ucieczki, zmusiły władze do rozważenia innych opcji jak wykorzystanie dla celów kwarantanny skalnych wysepek Vodi czy Agios Nikolaos. Konflikt trwał przez wiele lat, ale od 1749 roku tylko Marathonisi wykorzystywane było jako stałe miejsce kwarantanny dla żniwiarzy a sporadycznie wykorzystywano inne miejsca na Zakynthos, w przypadku, kiedy nie było dostępnych łodzi do ich transportu na wysepkę. Po tragedii w 1751 r. kiedy łódź z uciekinierami zatonęła i straciło życie 23 żniwiarzy, przekazano 1000 dukatów na zbudowanie szopy z zadaszeniem, żeby żniwiarze nie musieli leżeć przez siedem dni pod gorącym letnim słońcem. I tak przez lata Marathonisi była przez sezon letni miejscem kwarantanny – lazaretem, a zimą miejscem wypasu zwierząt.
W 1817 r. Zakynthos była już pod angielskim panowaniem, gubernator William Turner przeniósł Lazaret w okolice Jeziora Keri, kiedy po pewnym czasie odwiedził „skałę” bo tak nazywał Marathonisi tak opisał co tam zastał:
„Wieczorem udałem się na skałę, która chroni wejścia do portu i stoi w samym jego środku. Zobaczyłem mały kościół i grecki klasztor, wokół którego jest kilka drzew i trzy czy cztery poletka uprawne. Znalazłem tu dwa koty i jednego psa, na skraju śmierci głodowej, bo nie było żywego ducha na wyspie. Wydaje się, że miejscowi unikają tego miejsca a duchowni mieszkają tu tylko w lecie…”
